In 1952 liepen de spanningen op Ribeirão nog verder op. De strijd tussen de vóór- en tegenstanders van Hogenboom beperkte zich niet meer tot de Fazenda. Ook de Nederlandse pers werd gebruikt om het gelijk te behalen. Met name artikelen in het katholieke weekblad De Nieuwe Eeuw zorgden voor de nodige beroering. In dat blad verscheen op 23 februari 1952 een artikel van J.J. van den Besselaar, voorheen werkzaam als leraar op Holambra, waarin hij het beleid van Hogenboom fel bekritiseerde. Volgens Van den Besselaar ging Hogenboom te werk met bruutheid en willekeur. Van iedereen werd conformisme verlangd. Kritiek werd uitgelegd als gebrek aan bereidwilligheid om mee te werken. “Nooit werden fouten van het heden of van het verleden ruiterlijk erkend. Integendeel de schuld van alle ellende werd steeds geschoven op de rug van de boeren, die onchristelijk-hebzuchtig zouden zijn, niet zouden werken en met hun roddelen de goede geest in eigen kring zouden ondermijnen, en met ondoordachte brieven het bestaan van de Fazenda in gevaar zouden brengen.” Ook in de volgende artikelen schaarde het weekblad zich achter de tegenstanders van Hogenboom, omdat rechten aan hen zouden zijn ontnomen. Er werd aangedrongen op ingrijpen vanuit Nederland teneinde de leiding (in casu Hogenboom) uit haar functie te ontzetten en de boeren volledig in hun rechten te herstellen.
De tegenstellingen op Holambra spitsten zich nog verder toe, toen in september 1952 aan de kolonisten een in het Portugees opgestelde overeenkomst (dat het voor de Braziliaanse wet ongeldige, in het Nederlands opgestelde contract van november 1951 moest vervangen) ter tekening werd voorgelegd. Wist de leiding in november 1951 nog de meeste kolonisten te overreden om te tekenen; nu bleef een aanzienlijk deel (32 van de 87 boeren) weigeren hun handtekening te zetten. Volgens Heymeijer waren zij er enerzijds van overtuigd dat zij de lasten niet konden opbrengen en anderzijds hadden zij het vertrouwen in Hogenboom totaal verloren en konden zij niet geloven dat zij als het op betalen zou aankomen en zij dit niet konden op een soepele behandeling mochten rekenen. Omdat zij weigerden te tekenen, werden zij afgesneden van de credieten van de coöperatie voor hun levensonderhoud en voor hun bedrijf. Volgens Heymeijer werden zij wel gedwongen op niet-legale wijze in het levensonderhoud van henzelf en van hun vee te voorzien. Heymeijer drong, uit naam van de van credieten afgesneden boeren, aan op ingrijpen vanuit Nederland.
De alarmerende berichten deden ook de KNBTB twijfelen aan de juistheid van het optreden van Hogenboom. In overleg met mgr. Hanssen en de Nederlandse regering werd overwogen een onderzoekscommissie naar Brazilië te sturen. De regering liet echter weten hieraan niet te kunnen meewerken, aangezien dit het gezag van de regeringscommissaris zou ondermijnen. Uiteindelijk werd in december 1952 door de KNBTB in overleg met het episcopaat deken H. Bernelmans naar Brazilië gestuurd om de gemoederen te sussen en de weigeraars ertoe te bewegen het contract alsnog te tekenen. Het bezoek leverde echter geen resultaten op. Volgens Bemelmans zagen Hogenboom en het coöperatiebestuur de niet-ondertekenaars het liefste vertrekken. Hoewel Bemelmans het economisch beleid van Hogenboom voor het slagen van Holambra noodzakelijk achtte, vroeg hij zich af of de positie van Hogenboom niet te sterk was, in casu het verenigen van de functies van regeringscommissaris en voorzitter van de coöperatie, een mening die door de Nederlandse regering werd gedeeld. Naar zijn mening was ook het optreden van de leiding niet altijd even tactvol. De conclusies van deken Bemelmans werden door de KNBTB overgenomen. In een brief aan Hogenboom en het bestuur van de Cooperativa Holambra van 12 maart 1953 liet het bestuur van de bond weten “dat afdwinging van het grootste recht in sommige gevallen tot onrecht kan leiden”. Het KNBTB-bestuur vertrouwde erop dat het coöperatiebestuur “in sommige gevallen ook genade voor recht zal willen doen gelden”. Door de Cooperativa Holambra werd echter geen gehoor gegeven aan deze oproep. Werd het bezoek van deken Bemelmans al ervaren als een “dolksteek in de rug van de gehele leiding”, de brief van 12 maart was “de druppel die de beker deed overlopen”. Volgens Hogenboom was opnieuw “een dolkstoot toegebracht”. Het bestuur van de Cooperativa besloot niet op deze brief te reageren en gewoon verder te werken aan de gezondmaking van Holambra.
Begin 1953 begon de uittocht van de ontevredenen. Een deel trok naar Não Me Toque in de staat Rio Grande do Sul, waar zich reeds in 1951 een aantal voormalige Holambra-boeren had gevestigd. Não Me Toque werd een redelijk welvarende kolonie. Een coöperatie kwam echter maar moeizaam tot stand. Volgens Hack is dit te wijten aan de slechte ervaringen met de coöperatie van Holambra met haar sterke leiding. Een andere groep boeren trok naar de staat Paraná en stichtte daar in de buurt van de Nederlandse protestantse kolonies Carambeí en Castrolanda een kleine nederzetting die ‘Tronco’ heette. Hoewel Tronco kon profiteren van de voorzieningen van beide protestantse kolonies, voerde zij een kwijnend bestaan. De meeste boeren hadden hun land niet in eigendom, waardoor zij niet in aanmerking kwamen voor credieten. Volgens Hack had Tronco dan ook nauwelijks toekomstperspectieven.
Na het vertrek van de dissidenten keerde de rust terug op Holambra. Hoewel door deze uittocht de last van de leningen zwaarder was gaan drukken op de schouders van de overgebleven emigranten, slaagde Holambra erin een welvarende kolonie te worden. De vrijgekomen bedrijven werden overgenomen door nieuwe emigranten, veelal familie en kennissen van de overgebleven emigranten. Volgens Klein Gunnewiek begonnen het plezier en de humor “weer door te breken. Een teken dat men iets lichter in de toekomst keek. Een nieuw tijdperk was aangebroken.” Dit betekende echter nog niet dat alle problemen voorbij waren. In 1958, twee jaar nadat de coöperatie het jaar voor het eerst met een batig saldo afsloot, stak een nieuwe oppositiegroep de kop op. Een aantal boeren had verwacht dat nu de lasten werden verminderd. Dit bleek niet het geval te zijn. Aan de tweede ‘revolutie’ kwam echter vrij snel een einde, toen de opponenten hun bedrijven verkochten en vertrokken. Zij vormden begin 1959 een nederzetting in de staat Santa Catharina in de buurt van de hoofdstad Florianópolis.
In de tijd van de grote moeilijkheden (1950-1953) had de ontginning stilgelegen. Vanaf 1955 werd weer hard gewerkt aan het in cultuur brengen van het nog braak liggende deel van de fazenda (circa drieduizend hectares). Het ging nu zo voorspoedig dat vanaf 1958 gesproken werd over de aankoop van een nieuwe fazenda ten behoeve van de kinderen van de kolonisten en nieuwe Nederlandse emigranten. Vooral het grote aantal kinderen vormde een bron van zorgen. Onder de circa negenhonderd Nederlanders die zich begin 1961 op de fazenda bevonden, waren zeshonderd kinderen, van wie er vijfhonderd jonger waren dan veertien jaar. Voor hen zou vroeger of later nieuwe grond nodig zijn. KCES-directeur Jos van Campen schreef hierover in 1960: “Wanneer men nu of binnen afzienbare tijd niet in staat is nieuwe grond te kopen, dan is ( … ) het denkbaar, dat het latente gevaar een actueel gevaar wordt, nl. dat gezinnen met grote kinderen hun bedrijven proberen te verkopen om individueel in Brazilië een nieuw stuk van groter omvang te exploiteren”. Om die reden was de stichting van een tweede kolonie noodzakelijk
Voor de aankoop van grond voor een nieuwe kolonie, die de naam Holambra II kreeg, wist Hogenboom met steun van de Nederlandse commissaris voor emigratie in november 1960 een lening van 1,25 miljoen dollar van de Amerikaanse regering te verwerven. Medio 1961 slaagde men er in ‘Fazenda das Posses’ met een oppervlakte 12.000 hectares aan te kopen. Deze fazenda was evenals Ribeirão gelegen in de Staat São Paulo. De fazenda werd direct in gebruik genomen door enkele boeren van Ribeirão (voortaan Holambra I geheten). Holambra II werd echter niet het succes dat men er tevoren van verwachtte. Deze nieuwe kolonie kwam namelijk tot stand op een moment dat de Nederlandse emigratie haar dieptepunt bereikte. Van een gehoopte jaarlijkse toevoer van tachtig emigranten was dan ook geen sprake. Een groot deel van de grond van de fazenda bleef te lang onverkocht. Daarnaast werd Holambra II geen exclusief Nederlandse kolonie. Ook niet-Nederlanders werden in de gelegenheid gesteld zich in de kolonie te vestigen.
‘Holambra’ betekende voor de KNBTB de realisering van zijn ideeën over de meest wenselijke vorm van agrarische emigratie: door de stichting van kolonies waarin geloofs- en landgenoten samenwerkten kon het geestelijk en sociaal welzijn van de emigrant het best worden gegarandeerd. De stichting van Holambra was vooral gebaseerd op idealistische motieven. Heymeijer wilde een ‘gemeenschap’ opbouwen, maar ging voorbij aan een aantal voorwaarden waaraan voldaan moest worden wilde zo’n gemeenschap een succes worden. Onvoldoende aandacht was bijvoorbeeld besteed aan de selectie van emigranten en de financiering van de kolonie. Daarnaast was uitgegaan van de (verkeerde) veronderstelling dat boeren in staat waren om samen een levensvatbaar geheel op te bouwen. Tenslotte ontbrak het aan een goede leiding. In de loop van 1950 werd duidelijk dat Holambra financieel aan de grond zat.
Hogenboom slaagde er met behulp van een nieuwe lening in Holambra te reorganiseren en te laten uitgroeien tot een succesvolle onderneming. De wijze waarop Hogenboom deze reorganisatie uitvoerde, wekte weerstand op bij een groot aantal kolonisten. Deze verloren alle vertrouwen in het succes van de onderneming en vertrokken na scherpe conflicten naar elders. Opvallend was dat ook de KNBTB ging twijfelen aan de juistheid van het optreden van Hogenboom en pogingen deed de beide partijen tot verzoening te bewegen. In deze periode van conflicten, waarover de Nederlandse pers uitvoerig berichtte, hield de KNBTB zich opvallend afzijdig van alle publiciteit. Slechts een enkele keer (op 15 maart 1952, midden in de publiciteitsgolf rond Holambra) verscheen in Boer en Tuinder een artikel over de kolonie. De moeilijkheden, die uiteengezet werden, zo werd er geschreven, waren overwonnen en men ging ‘met vertrouwen de toekomst tegemoet’. Pas vanaf het einde van 1954 verschenen weer regelmatig artikelen over Holambra in dit weekblad meestal geschreven door G. Duysens, de vertegenwoordiger van Holambra in Nederland met het doel nieuwe emigranten te werven.
Holambra bood voor emigrerende boeren het voordeel zich te vestigen in een vertrouwde gemeenschap van land- en geloofsgenoten. Daarnaast verminderde het emigreren binnen coöperatief verband de financiële risico’s die aan emigreren verbonden waren. Een groot bezwaar tegen deze vorm van emigreren is echter dat de integratie in het land van bestemming erdoor belemmerd werd. Men kon zich veilig terugtrekken in de eigen gemeenschap. Hierdoor werd niet zozeer de behoefte gevoeld de vreemde taal (in casu Portugees) te leren. Holambra vormde lange tijd een erg gesloten gemeenschap. Hack oordeelt hierover: ” Practically all contacts with the outside world are taken care of by the cooperative, which tends to make the colonists somewhat easy-going in some things”. Voormalige Holambra-boeren die zich op de open nederzetting Näo Me Toque vestigden, zeiden dan ook uit eigen ervaring: “At Holambra you’ll never get to know Brazil.”
